Vieni pavojingiausių želdinių kenkėjų yra elniniai žvėrys, kurie nukandžioja medelių viršūnes ar stiebų žievę. Kai viršūnė nukandama kelis kartus, medelis krūmijasi, galiausiai gali žūti. Po žieve taip pat gali pakliūti įvairūs grybai ir pūdyti stiebelius, tuomet išauga tikimybė, kad medelis nudžius.
Medeliai turi būti apsaugoti ir nuo graužikų, įvairių kenkėjų bei piktžolių. Svarbu iš anksto užkirsti kelią ligoms ir įvairioms kitoms gamtos keliamoms grėsmėms.
Tarp apsaugos priemonių efektyvūs repelentai (atbaidančios, „neskanios“ medžiagos), kuriais tepamos medelių viršūnės (nuotraukoje). Medeliai gali būti apgaubiami arba aptveriami ir specialiais šviesai pralaidžiais apsauginiais gobtuvais.
Tikslingas medžių sodinimas leidžia atkurti mišką dar geresnės kokybės medeliais, nei būta iki tol.
Profesionalus rankinis miško želdinimas ar gamtoje vykstantis savaiminis atsikūrimas yra būtinos sąlygos darniam ir atspariam miškui augti. Taip užtikrinamas ne tik miško augimo ciklas, bet ir nulemiama aukštesnės kokybės ateities miško vertė.